第30回："Itching for a Diagnosis"

　タイトルは、症状としての掻痒と診断に対するうずうずする欲求とを掛けたものですね。

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Word Count：2294語 (Time:  11'35'', 198 wpm)

参加人数：５名

クリニカル・パール：

• Both the degree of proteinuria and the rate of progression of the kidney failure are more pronounced in collapsing glomerulopathy than in classical focal segmental glomerulosclerosis.
• In the early 1980s, collapsing glomerulopathy was a relatively frequent diagnosis in persons with HIV infection (so-called HIV-associated nephropathy). Subsequently, a similar kidney lesion was described in HIV-negative patients, and the condition was termed collapsing glomerulopathy. In collapsing glomerulopathy, the glomerular lesions are often characterized by segmental or global glomerular collapse without sclerosis or hyalinosis.
• It has been suggested that variants of APOL1 may predispose persons of African ancestry to collapsing glomerulopathy, but further research is needed.

感想：

• 全身掻痒の鑑別診断には、胆汁酸うっ滞、腎障害、薬剤、HIV感染、甲状腺機能亢進症、骨髄増殖性疾患、悪性腫瘍、妊娠などがあるが、参加者の印象に残るのは、肝硬変とか疥癬とか悪性疾患とかが多いようです。
• "collapsing gromerulopathy"は、通常のネフローゼよりも高度な蛋白尿と急激な腎機能低下で特徴づけられ、もとはHIV腎症として認識されていたものが、HIV感染がなくとも生じる場合が報告されるようになってきたものらしい。

流会、引っ越し、V-Scan

今日は、集まりが悪く、抄読会を延期しました。来週に持ち越しますが、引越し後なので、場所は新館の医局のオープンスペースになります。8月30日16:45からは、同じ場所で、Vscan の納入と説明会があります。

この機会に、YouTubeでDaniel Liechtenstein先生によるエコーの講義をご覧になってみてはいかがでしょうか？

https://www.youtube.com/user/Handsonech

第29回："Prevention as Precipitant"

　タイトルは、「予防のノウハウ、時には余病の膿疱」というのは訳しすぎか。そう言えば、掌蹠膿疱症って余り見なくなった気がします。

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Word Count：2355語 (Time:  14'32'', 162 wpm)

参加人数：３名＋文書参加１名

クリニカル・パール：

• The dermatology department was consulted, and the patient underwent punch biopsy of skin from his left axilla. This revealed intraepidermal pustule formation along with dermal interstitial and perivascular lymphocytic infiltrates and multiple eosinophils, which, given his overall presentation, was a finding thought to be most consistent with acute generalized exanthematous pustulosis triggered by cephalosporin exposure.
• At least 90% of cases of acute generalized exanthematous pustulosis are attributed to medication exposure, with antibiotics, antiepileptic agents, and antihypertensive agents commonly cited as culprits.
• Early skin biopsy was central to making the diagnosis and guiding management.

感想：

• 皮膚生検が重要と分かっても、紹介先の方針で変わってきますね。
• 遠隔診断を積極的に受けて頂ける皮膚科のドクターいらっしゃらないでしょうか？

第28回："A History Lesson"

　タイトルの "History" は、「病歴」の意味、この疾患のもつ「歴史性」、そして、William Osler 先生が “The physician who knows syphilis knows medicine.” と言い、syphilisを "The Great Masquerader"と呼んだ医学教育上の歴史とを掛けていると読むのは、読み過ぎでしょうか。

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Word Count：2633語 (Time:  20'16'', 130 wpm)

参加人数：３名

クリニカル・パール：

• The most common manifestation of secondary syphilis is a rash, which includes skin lesions on the palms and soles, with both the rash and a palm lesion evident in this patient at the time of his referral to the infectious disease clinic. The rash is usually maculopapular but can also be pustular or a combination of the two.
• Lymphadenopathy, fatigue, fever, and patchy alopecia also occur in patients with secondary syphilis.
• Many years (usually decades) after untreated inoculation, tertiary syphilis, the final stage, develops and can lead to devastating neurologic and cardiac sequelae.
• Whereas syphilis rates declined between the early 1990s and early 2000s in the United States, cases of syphilis have more recently been increasing among men who have sex with men; infections in this population now comprise more than 70% of all cases of primary and secondary syphilis diagnosed in the United States. Coinfection with HIV is common. Among men who have sex with men, 40% of those who have received a diagnosis of syphilis are also infected with HIV. Our patient underwent HIV testing at the second visit with his primary care physician, who recognized that a persistent sore throat and malaise may be indicative of acute HIV infection. The Centers for Disease Control and Prevention recommends that all men who have sex with men undergo testing for sexually transmitted diseases (HIV infection, gonorrhea, chlamydia, and syphilis) at least annually and that men at high risk (e.g., those with multiple or anonymous sex partners or with a bacterial sexually transmitted disease in the previous 12 months) be tested as frequently as every 3 months.

感想：

• ヒロポン (Philopon) とは、大日本住友製薬（旧：大日本製薬）によるメタンフェタミンの商品名であり、同社の登録商標（第364236号の1）である。成分名は塩酸メタンフェタミン。剤型はアンプルおよび錠剤である。ヒロポンの名は、「疲労をポンと取る」にも掛けているが、英文綴りに見られるように、ギリシア語のΦιλόπονος（ピロポノス／労働を愛する）を由来としている。(Wikipedia「メタンフェタミン」より)。
• 名前は知っているが、実際の経験が少ない疾患の代表例。今後、再興することも考えられるので準備が必要。

第27回："Sick as a Dog"

　タイトルは、リアルの犬と比喩としての犬を掛けています。世界史上最悪の疫病で、その流行がなければ、ルネサンスや１７世紀の科学革命もなかったかもしれない黒死病（ペスト）でした。さらに今回のケースは、なんと、国立感染症研究所でも報告されておりました！

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Word Count：2680語 (Time:  19'01'', 141 wpm)

参加人数：４名＋書面参加１名

クリニカル・パール：

• Specifically, Yersinia pestis has previously been misidentified as P. luteola on automated blood-culture systems and is endemic in the western United States, including Colorado. P. luteola is a rare human pathogen that is typically found only in patients who have compromised immune function or implanted hardware, neither of which appears to apply to this patient.
• Y. pestis is listed as a category A (high-priority) bioterrorism agent by the Centers for Disease Control and Prevention, and biosafety level 3 precautions must be observed for cultured specimens.
• Although plague is uncommon, all forms of the disease are associated with substantial morbidity and mortality. Clinicians must have a high index of suspicion in the context of severe pneumonia with rapid onset, particularly in immunocompetent hosts who have spent time in endemic areas. Awareness of common clinical manifestations can facilitate early detection and treatment of this highly lethal but treatable disease.

感想：

• 実際、日本では、劇症肺炎が３，４例続くとかなければ、疑われないだろうが、教訓として、自動培養判定器で、P. luteolaが同定されたら、ペストを疑うぐらいは知っておいてもいいかも。近未来、ペスト菌によるテロがないとは言い切れないし。
• 人獣共通感染症ではないが、北海道は結構、破傷風が発生しているから外傷患者さんではきちんとワクチンをしたほうがいい。

迷惑をかけないExcel

　データのやりとりはエクセルで保存したファイルを添付してをメールすることが多いが、開けないことがある。開くことができても、データが正規化されておらず、前処理が必要になることが多い。データの前処理は、プロのデータ解析者の場合は仕事の80％を占めるそうだが、我々はそれは本業ではなく、むしろデータを作る立場なので、わざわざ連携困難で時間が経つと訳が分からなくなるようなデータを作ることはないし、Garbage In, Garbage Out というように、そんなデータから導かれた成果の質は疑われても仕方がない。

　そこで、エクセルでデータを作るとき注意すべき点を列挙してみた。他にもあるかもしれないが、とりあえず十箇条。

1. xlsx形式で保存しない。
2. S-JISコードで保存しない。
3. 「ネ申Excel問題」、方眼紙として使用しない。そのように使う場合は、データと別のシートで行う。
4. セル結合しない。
5. １つのセルに複数のデータを入れない。
6. セル内で改行しない。
7. 数値データに単位を付けない。（文字データとして認識されてしまう。）
8. 数値データに桁区切りのコンマを入れない。
9. ゼロを省略しない。（欠損値として認識されてしまう。）
10. 項目名、変数の種類を統一する。

　観察を行、変数を列として正規化したCSV形式が一番使い勝手がいいと思います。

例えば、北海道感染症情報センター-インフルエンザ とかのデータを可視化しようと思うとわかるが、単純にCSV形式であればいいというわけではない。オープンデータということが言われるようになってきて久しいが、お役所などで公開しているデータが、R界の神Wickhamが提唱する "tidy data" といかにかけ離れているかを知り、そのデータを再利用するときの困難を経験するのにはいい素材となります。

Exploratory Desktop 関連情報一覧

統計環境R言語のフロントエンドとして脚光を浴びている "Exploratory Desktop" 、少し触った限りでは便利そう。関係者のブログに

コマンドラインインターフェイスで、データ解析とビジュアライズが同時に、柔軟にできるソフトウェアです。技術的に書くと、RのフロントエンドにNW.js (WebKitベースのデスクトップアプリSDK)とplotly.js (D3.jsベースの可視化ライブラリ)を用いた対話的で再現性重視のデータ分析環境を提供します。

とあったが、？？？なので、とにかく情報収集してみることにした。日本人が関わっているようだが、シリコンバレーのプロジェクトなので日本語情報は少ないようです。

1. 本家ダウンロード（英語） https://exploratory.io/
2. 本家ブログ "learn dplyr"（英語） https://blog.exploratory.io/
3. 開発メンバーのブログ「東京デビューしたい大学生の宿泊活動」（日本語） http://hidetaka.hateblo.jp/
4. オンラインマニュアル（英語） http://docs.exploratory.io/
5. GitBook：マニュアル pdf 版（英語）

   https://www.gitbook.com/book/exploratory/book/details

6. Qiita（日本語） http://qiita.com/tags/Exploratory
7. Vimeo（動画） https://vimeo.com/user18305953/videos
8. Exploratory Japan ユーザーグループ （日本語）

   https://www.facebook.com/groups/1087437647994959

9. Twitter（英語） https://twitter.com/ExploratoryData
   
10. Twitter #DataIsPlural（英語）　https://twitter.com/hashtag/DataIsPlural